一是航道整治工程。积极开发运用生态护岸、U型板桩护岸和桥梁顶升等水运工程新技术、新材料、新工艺,推进土地资源节约集约利用,提高工程质量和效益。2013年，建成长湖申线(浙江段)航道扩建工程，完成投资6000万元，累计完成投资18.59亿元。加快推进京杭运河（湖州段）三级航道整治工程前期工作，争取2014年初开工建设。到2015年底，整治京杭运河30公里，累计完成投资10亿元，为工程概算总投资的60%。
二是航道疏浚工程。保障航道畅通，干线航道维护水深年保证率达98%以上，降低船舶航行对航道水体的影响。京杭运河结合“四改三”整治工程统筹解决水下土方的疏浚问题，长湖申航道扩建工程在项目完工前完成全线的清淤。到2015年底，全市累计疏浚干线航道226.6公里、土方196万方，其中：2013年疏浚93.4公里、土方31万方；2014年疏浚79.8公里、土方99万方；2015年疏浚53.4公里、土方66万方，累计投资2700万元。
三是护岸修复工程。统筹兼顾水环境保护，在满足航运功能的基础上，最大限度维护沿岸生态环境，实施生态修复工程，航道护岸完好率达95%以上。到2015年底，完成湖嘉申线和孚服务区段护岸加固工程1.5公里，杭湖锡线湖州段护岸完善二期工程7.6公里，杭湖锡线德清段护岸完善三期工程7公里。同时，整治修复毛柴园矿区航道0.7公里、埭菱线航道6公里、武太线航道8.7公里，累计投资1.18亿元。
四是航道绿化工程。积极落实“四边三化”职责范围内的工作，完善航道用地范围内绿化和航道标志标牌养护管理制度，航道绿化、标志标牌完好率均在95%以上。抓住有利季节，及时组织航道绿化缺棵补植，认真落实航道绿化日常养护，有效巩固文明航道创建成果，航道绿化养护面积73.46万平方米。将“三化”行动与干线航道经常性养护相结合，建立起干线航道沿线环境综合治理常态化管理工作模式，健全长效管护机制。
五是航道清障工程。加大航道预防性养护力度，确保航道完好和畅通。加强航道巡查，及时查处航道违章行为，杜绝新的碍航建筑物出现。干线航道内发现无主碍航物时当场设立标志，组织清除，影响通航条件的在48小时内完成清除。进一步提升航道养护装备能力建设，新建1艘集混凝土搅拌、打桩、疏浚等功能于一体的养护工程船，并完成250吨打捞救助船的建造，年内清理36处航道内障碍物。
六是船舶监管工程。落实船舶防污染治理措施，所有运输船舶必须配备油水分离器和相关防污染设备。在船舶综合服务区、管理站点放置船舶垃圾收集箱，实行生活垃圾集中存放、上岸处置。加强废油回收规范管理，防止油污水渗漏进入水体。制定《湖州市水上运输货物装卸和船舶通行管理规定》，保障航区通行秩序。到2015年底，船舶生活垃圾上岸率98%，超载船舶数量控制在2%以内，超限船舶管控率在98%以上，油污水得到有效回收。
