由于去年公益运输线路发生700亿元亏损，是次一旦把普通业务的损益作为独立的子项，直接以财政补贴的方式进行平衡，不仅有助于推进财政预算支出的细化，而且助力了铁道部各业务收支两条线布局，进而为可商业化、市场化的铁路运输业务实行企业化运营打开想象空间。也将为铁路系统实行政企分开、政资分离，及加速推进铁路系统市场化改革，吸引社会资本参股、控股等提供可能。
不过，当前拟议中的补贴机制，能否为铁路改革提供有效的可行自由，很大程度上取决于铁路系统普通与商业业务的分离程度。即若铁路系统的普通与商业业务在运营上依然“二合一”，财政补贴仅是普通与商业业务在财务上的分离核算，给铁路系统改革带来的可行自由相对有限。毕竟，继续普通与商业业务合并运营模式，将难以有效为社会资本投资铁路提供可预见的风险损益甄别标准。
鉴于此，对铁路普通服务进行财政补贴，若旨在作为深化铁路系统改革的一个重要突破口，那么需与铁路系统的管办分离、政企分开等改革配套而行。其一，铁路系统适度的管办分离和政企分开，有助于清晰区分铁路部门行政监管费用、普通业务运营成本及商业运营损益，使铁路普通业务的补贴更具可追溯性。
其二，实行普通业务与商业业务的独立运营，可有利于厘清公益与商业业务的运营边界，为社会资本投资铁路清理出一个可完全市场化的运营环境。即当前可成立一个专司普通业务的独立性公司，抑或从商业业务中分离出的普通服务，可采取面向市场进行经营招投标方式，委托企业专司运营普通业务，但管理层对此制定严格的定价制度。如军事物资、扶贫救济、军人残疾人和在校大学生半票等业务为该公司专营范围，且不允许其从事商业运力服务，同时财政部根据普通服务企业承接的运力情况确定财政部额度，即财政补贴是补人头而非补企业。
这不仅有助于铁路系统的市场细分，明晰普通业务与商业业务的边界，而且为商业化铁路提供市场化的定价机制和环境，即商业化的铁路运输企业可根据市场供需、不同运力间的竞争格局，自主确定具有竞争力的价格。同时商业性运力公司的定价策略和竞争效率，也会为专司普通服务的公司提供错位竞争参照系，即要是专司普通服务的企业定价，高于商业性企业为竞争客货流的折扣价格，服务质量差，那么享受政策优惠的学生将转向乘坐商业公司提供的运力服务，从而暴露出专司普通服务的铁路企业存在效率不经济问题，铁路监管部门等可通过运力招投标等方式更换运营者，以形成激励相容效应。同时，管理层也可采取年度财政补贴总额固定拨付制，避免专司普通服务的铁路公司虚报亏损额，即财政给予固定的年度补贴，若专司普通服务的企业亏损高于财政补贴，那么需自掏腰包弥补差额。
